Recursos

1. Estàndards i recomanacions EBP

A continuació us incloem enllaços a un conjunt de documents preparats per  diferents comitès de l’EBP i dirigits a qualsevol investigador interessat en la genòmica i que vulgui adquirir coneixements o treballar en l’obtenció i l’anàlisi de dades genòmiques. Els documents inclouen tant la definició dels estàndards a assolir en les diferents fases del procés d’obtenció dels genomes com propostes d’eines a utilitzar per asolir-les i recomanacions de les anàlisis i els usos actuals de les dades genòmiques.

A. Estàndards per la recollida i el processat de les mostres.

B. Estàndards d’assemblatge.

C. Recomanacions per l’assemblatge.

D. Estàndards d’anotació.

E. Recomanacions d’eines per l’anotació

F. Estàndards d’anàlisis post-genoma.

Visualitzar més

2. Portal de dades

El portal de dades de la Iniciativa Catalana per a l’Earth Biogenome Project (CBP) recull totes les dades produïdes en el marc de la nostra  Iniciativa. Hi pots accedir a través de la pestanya DADES en aquesta web o directament a l’adreça https://dades.biogenoma.cat/ . Aquest portal proporciona un accés fàcil al nombre d’espècies en cadascun dels estadis del procés d’obtenció dels genomes, permetent una anàlisi i exploració en profunditat. 

Per tal que es mantingui al dia, es necessari que tots aquells investigadors i investigadores produint genomes sota el paraigües de la CBP entrin les dades de la/es espècie/s en que estan treballant i del progrés del projecte al Portal. A l’apartat Directrius d’enviament de dades trobareu la informació necessària per poder fer-ho.

Visualitzar més

3. Directrius d’enviament de dades

Si heu rebut finançament d’un projecte de la Iniciativa Catalana per a l’Earth BioGenome Project (CBP), o bé esteu seqüenciant un genoma amb recursos propis però voleu que quedi sota el paraigües de la CBP, haureu de penjar les dades de les vostres espècies al Portal (mostra local), crear un biosample a l’ENA i dipositar el testimoni en una institució pública. A continuació trobareu una explicació bàsica sobre cadascun d’aquests processos i uns documents que us podeu descarregar amb tota la informació necessària per completar aquests passos, amb explicacions detallades, indicacions i tutorials. Per qualsevol dubte ens podeu contactar a catbiogenoma@correu.iec.cat.

 

Informació rellevant:

– PERMISOS DE CAPTURA I RECOL·LECCIÓ

Tots els projectes subvencionats per la CBP han de comptar amb permisos oficials de recol·lecció per a les mostres que es volen seqüenciar. Per a més informació d’on aconseguir permisos de recol·lecció de mostres al territori de parla catalana podeu consultar el document adjuntat a continuació:

*Aquestes guies encara estan en desenvolupament

– PUJAR LES DADES DELS ORGANISMES AL PORTAL

Els organismes s’hauran d’incorporar al portal (https://dades.biogenoma.cat) tant bon punt s’hagi recol·lectat l’individu i en un període màxim de tres mesos des de l’inici del projecte. Es recomana  proveir un testimoni electrònic (fotografies) de l’individu de referència que es penjaran conjuntament amb les dades locals de la mostra. Per a més informació sobre com pujar les dades de l’espècie i el testimoni electrònic al portal consulteu la Guia per a la incorporació de dades al portal.

Guia per a la incorporació de dades al portal
– DIPÒSIT DELS TESTIMONIS A REPOSITORIS PÚBLICS

Tots els genomes de referència hauran de comptar amb un testimoni físic que s’haurà de dipositar a un repositori d’accés públic. Des de la CBP proposem tres institucions col·laboradores que poden actuar de repositoris d’animals (Museu de Ciències Naturals de Barcelona; MCNB), de plantes vasculars (Herbari de l’Institut Botànic de Barcelona; Herbari BC) i de plantes no vasculars, algues i fongs (Centre de Documentació de Biodiversitat Vegetal de la Universitat de Barcelona; Herbari BCN). 

Guia per al dipòst de testimonis (vouchers) i altres materials biològics a la CBP
– PROCEDIMENT PER L’AVALUACIÓ I L’ALLIBERAMENT DE GENOMES ASSEMBLATS
  1. Registrar les mostres (obligatori abans de la seqüenciació)
    • Registreu totes les mostres a través del portal de la CBP.
    • Reviseu les directrius sobre la recollida de mostres, el dipòsit de testimonis físics (vouchers) i les metadades abans de la tramesa.
    • Obteniu el ToLID i el número de BioSample.

⚠️ La seqüenciació no hauria de començar abans del registre de la mostra.

  1. Pujar de les dades de seqüenciació a l’ENA
    A ENA:
    • Creeu un BioProjecte paraigua (umbrella BioProject) de l’espècie.
    • Creeu un BioProjecte de dades de seqüenciació sota el paraigua.
    • Envieu els Experiments i les Runs.
    • Publiqueu el BioProjecte de seqüenciació.

Guia detallada i scripts d’ajuda:
→ [Guia de tramesa de dades de la CBP]
Informeu del codi del Projecte paraigua mitjançant aquest formulari.

  1. Assemblar el genoma

→ [Estàndards de l’EBP]

  1. Enviar un ERGA Assembly Report (EAR)
    • Prepareu un EAR.
    • Envieu-lo mitjançant un pull request al repositori per a EARs de la CBP.
    • Responeu als comentaris dels revisors fins a l’aprovació.

→ [Repositori EAR de la CBP]

  1. Enviar l’assemblatge final a l’ENA
    • Creeu el(s) BioProjecte(s) d’assemblatge sota el paraigua.
    • Establiu la data de publicació (immediata o ≤1 any; vegeu la política de dades).
    • Envieu l’assemblatge a l’ENA.

→ [Guia de tramesa d’assemblatges a l’ENA]

4. Repositori principal de GitHub

Visita el nostre repositori principal a GitHub on podràs accedir a codi, scripts i altres recursos relacionats amb els nostres projectes. Col·labora amb nosaltres i contribueix al desenvolupament d’eines i programari de codi obert

Visualitzar més