1. Portal de dades
El portal de dades de la Iniciativa Catalana per a l’Earth Biogenome Project (CBP) recull totes les dades produïdes en el marc de la nostra Iniciativa. Hi pots accedir a través de la pestanya DADES en aquesta web o directament a l’adreça https://dades.biogenoma.cat/ . Aquest portal proporciona un accés fàcil al nombre d’espècies en cadascun dels estadis del procés d’obtenció dels genomes, permetent una anàlisi i exploració en profunditat.
Per tal que es mantingui al dia, es necessari que tots aquells investigadors i investigadores produint genomes sota el paraigües de la CBP entrin les dades de la/es espècie/s en que estan treballant i del progrés del projecte al Portal. A l’apartat Directrius d’enviament de dades trobareu la informació necessària per poder fer-ho.
2. Directrius d’enviament de dades
Si heu rebut finançament d’un projecte de la Iniciativa Catalana per a l’Earth BioGenome Project (CBP), o bé esteu seqüenciant un genoma amb recursos propis però voleu que quedi sota el paraigües de la CBP, haureu de penjar les dades de les vostres espècies al Portal (mostra local), crear un biosample a l’ENA i dipositar el testimoni en una institució pública. A continuació trobareu una explicació bàsica sobre cadascun d’aquests processos i uns documents que us podeu descarregar amb tota la informació necessària per completar aquests passos, amb explicacions detallades, indicacions i tutorials. Per qualsevol dubte ens podeu contactar a catbiogenoma@correu.iec.cat.
Informació rellevant:
– PERMISOS DE CAPTURA I RECOL·LECCIÓ
Tots els projectes subvencionats per la CBP han de comptar amb permisos oficials de recol·lecció per a les mostres que es volen seqüenciar. Per a més informació d’on aconseguir permisos de recol·lecció de mostres al territori de parla catalana podeu consultar el document adjuntat a continuació:
*Aquestes guies encara estan en desenvolupament
– PUJAR LES DADES DELS ORGANISMES AL PORTAL
Els organismes s’hauran d’incorporar al portal (https://dades.biogenoma.cat) tant bon punt s’hagi recol·lectat l’individu i en un període màxim de tres mesos des de l’inici del projecte. Es recomana proveir un testimoni electrònic (fotografies) de l’individu de referència que es penjaran conjuntament amb les dades locals de la mostra. Per a més informació sobre com pujar les dades de l’espècie i el testimoni electrònic al portal consulteu la Guia per a la incorporació de dades al portal.
– DIPÒSIT DELS TESTIMONIS A REPOSITORIS PÚBLICS
Tots els genomes de referència hauran de comptar amb un testimoni físic que s’haurà de dipositar a un repositori d’accés públic. Des de la CBP proposem tres institucions col·laboradores que poden actuar de repositoris d’animals (Museu de Ciències Naturals de Barcelona; MCNB), de plantes vasculars (Herbari de l’Institut Botànic de Barcelona; Herbari BC) i de plantes no vasculars, algues i fongs (Centre de Documentació de Biodiversitat Vegetal de la Universitat de Barcelona; Herbari BCN).
Per a més informació:
3. Repositori principal de GitHub
Visita el nostre repositori principal a GitHub on podràs accedir a codi, scripts i altres recursos relacionats amb els nostres projectes. Col·labora amb nosaltres i contribueix al desenvolupament d’eines i programari de codi obert